Characterisation of a persistent SARS-CoV-2 infection lasting more than 750 days in a person living with HIV: a genomic analysis
Joseline M Velasquez-Reyes, Beau Schaeffer, Scott R Curry, Victoria Overbeck, Cole Sher-Jan, Bradford P Taylor, Jacquelyn Turcinovic, Krutika Kuppalli, John H Connor, William P Hanage
Abstrak
Latar Belakang: Orang yang mengalami gangguan kekebalan tubuh dapat mengalami infeksi SARS-COV-2 yang persisten. Sejumlah mutasi virus yang terakumulasi selama infeksi persisten tersebut juga dapat diamati pada varian SARS-COV-2 yang perlu diwaspadai (variants of concern; VOCs). Dalam laporan kasus ini, kami mengarakterisasikan infeksi persisten dan evolusi SARS-COV-2 yang berlangsung lebih dari 775 hari pada orang dengan infeksi HIV lanjut.
Metode Penelitian: Sejak Maret 2021 sampai dengan Juli 2022, sebanyak delapan spesimen klinis dikumpulkan dari orang dengan HIV, yang tidak menerima terapi ART dan belum mencapai status virus tersupresi, dan diduga awalnya terinfeksi SARS-COV-2 pada pertengan Mei 2020. Virus RNA diekstraksi dari setiap usapan dan pendekatan sekuensing berbasis amplicon digunakan untuk analisis genomic SARS-COV-2. Situs-situs variabel dikarakterisasikan pada tingkat konsensus dan subkonsensus, alat filogenetik digunakan untuk menganalisis evolusi virus. Sekuensi SARS-COV-2 yang tersedia untuk umum dari GenBank digunakan untuk mengontekstualisasikan sampel sekuens dan mengidentifikasi potensi bukti penularan.
Hasil Penelitian: Genom berbentuk kluster monofiletik pada garis keturunan B.1. Sebanyak 68 varian nukleotida tunggal konsensus dan 67 varian nukleotida tunggal subkonsensus diamati selama periode infeksi. Laju jam intrahost tetap serupa dengan laju jam interhost dalam sekuens komunitas kontemporer (6,74 × 10-4 [interval kredibel 95% 5,05 × 10-4 hingga 8,54 × 10-4] substitusi per situs per tahun vs 6,11 × 10-4 [5,54 × 10-5 hingga 6,66 × 10-4]). Mutasi dikelompokkan ke dalam dua subpopulasi yang berbeda yang hadir selama periode infeksi. Sebanyak 10 mutasi non-sinonim pada gen protein spike berada pada posisi yang sama dengan mutasi yang mendefinisikan garis keturunan omicron (BA.1 atau BA.2), sembilan di antaranya hadir sebelum November 2021. Sebanyak sembilan dari 18 substitusi yang hadir selama infeksi jarang ditemukan dalam basis data online, menunjukkan kurangnya rantai penularan panjang yang diturunkan dari individu ini.
Interpretasi: Evolusi SARS-CoV-2 yang konvergen, baik di dalam maupun di luar protein spike, yang diamati dalam penelitian ini menunjukkan proses evolusi paralel yang mengarah pada kemunculan VOC omicron. Tidak adanya infeksi lanjutan yang disimpulkan mungkin mengindikasikan hilangnya kemampuan penularan selama adaptasi terhadap satu inang. Hasil penelitian ini menggarisbawahi pentingnya pengobatan yang tepat untuk menyembuhkan infeksi SARS-CoV-2 yang persisten dan pemantauannya untuk memahami bagaimana mutasi berkontribusi pada adaptasi virus.
Pendanaan: National Institute of General Medical Sciences of the National Institutes of Health, Centers for Disease Control and Prevention, the National Institute of Allergy and Infectious Diseases, MassCPR, dan Morris Singer Foundation.
Tautan ke artikel lengkap: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40706602/
Kalimat Kutipan: Velasquez-Reyes JM, Schaeffer B, Curry SR, Overbeck V, Sher-Jan C, Taylor BP, Turcinovic J, Kuppalli K, Connor JH, Hanage WP. Characterisation of a persistent SARS-CoV-2 infection lasting more than 750 days in a person living with HIV: a genomic analysis. Lancet Microbe. 2025 Sep;6(9):101122. doi: 10.1016/j.lanmic.2025.101122. Epub 2025 Jul 21. PMID: 40706602.
